Em um mundo assolado por criaturas ameaçadoras conhecidas como "Kaiju", Kafka Hibino sempre sonhou em se alistar na Força de Defesa do Japão para derrotá-los. Kafka prometeu à sua amiga de infância, Mina Ashiro, que eles derrotariam esses monstros juntos. Com o tempo, circunstâncias da vida os forçaram a seguir caminhos diferentes, fazendo com que Kafka abandonasse sua ambição. Ele conseguiu um emprego na Monster Sweeper, Inc., uma empresa de limpeza profissional especializada em lidar com as consequências das batalhas contra Kaiju. Por outro lado, Mina Ashiro agora é a capitã da 3ª Divisão da Força de Defesa. No momento, ele não é considerado digno de lutar contra os Kaiju ao lado dela. No trabalho, Kafka acaba conhecendo o altamente motivado Reno Ichikawa. A determinação incansável de Reno de se juntar à Força de Defesa não deixa espaço para o fracasso. Sua perseverança reacende a ambição de Kafka de estar ao lado de Mina enquanto protegem a humanidade dos Kaiju juntos!

Segue um jovem rebelde contra autoridades estabelecidas em uma versão futura da Terra, onde ele foi recrutado em uma unidade militar interplanetária que sofre uma taxa de 70% de baixas.

A paz é repentinamente quebrada quando as sirenes de alerta soam através da Soul Society. Os moradores estão desaparecendo sem deixar rastro e ninguém sabe quem está por trás disso.

Um grupo de crianças à deriva em um prédio abandonado tenta voltar para casa e embarca em uma jornada de amadurecimento.