Depois de um grave acidente rodoviário que causa a morte de uma equipe de basquete local, a cidade de Rockwell se transforma completamente. Graças a um pacto maligno, todos os sobreviventes do lugar deixam de envelhecer e morrer. Um dia, um garoto misterioso chega na cidade e consegue fazer com que o tempo volte a passar para todos, mas com graves consequências.

Neste longa de animação, um Lex Luthor "do bem" vem de um universo alternativo para pedir ajuda, pois seu planeta está sendo ameaçado pelo Sindicato do Crime, uma versão maligna da Liga da Justiça. As coisas se complicam quando o vilão Coruja tenta por em prática um plano diabólico, que poderá colocar todo o equilíbrio dos universos em perigo.

Stryker, um ex-comandante perverso do exército, tem a chave para o passado de Wolverine e o futuro dos X-Men. Esta ameaça reacende a chamada para um ato de registro mutante. Stryker inicia um ataque à mansão e escola do Professor Xavier. Depois de escapar de sua cela de plástico, Magneto propõe uma parceria com Xavier e os X-Men para combater esse novo inimigo que ambos têm em comum.