Com o fim da guerra, o avanço tecnológico traz mudanças à vida de Violet, que espera rever o major que a ajudou.

Entre os cinco grandes países de shinobi, os países da Água, Terra, Trovão e Vento estão perdendo seus Kekkei Genkai, um atrás do outro. O único que não foi afetado foi o País de Fogo, os outros começam a suspeitar que isto não é nenhuma coincidência. Embora a tensão da situação pode levar a uma nova Guerra Shinobi, Kakashi desaparece da aldeia, qual será o motivo...!? Entretanto os 11 de konoha vão por vontade própria em busca de Kakashi acabando por enfrentar o bando de shinobis desconhecidos... como correrá?

Com história de Brandon Auman (Os Vingadores: maiores heróis da Terra, Homem de Ferro: Armored Adventures), o filme explora um confronto entre o Homem de Ferro e o vilão Ezequiel Stane, que desenvolve uma nova bio-tecnologia que deixa a armadura do Homem de Ferro ultrapassada. Após Stane desencadear um ataque terrorista e focar na queda de Tony Stark, o Homem de Ferro deve ir em busca uma maneira de limpar seu nome.