Situada em uma comunidade agrícola no Cabo Oriental, a história segue Yola enquanto ela volta do Chile para o funeral de seu pai, apenas para encontrar os fantasmas de seu passado.

Há 30 anos alienígenas chegam à Terra em busca de refúgio, pois seu planeta estava morrendo. Eles passam a viver separados dos humanos em uma área chamada Distrito 9, na África do Sul, comandada pela multinacional United, que não se importa com o bem-estar dos alienígenas, mas que está disposta a tudo para dominar a tecnologia que eles possuem. Quando um agente em campo contrai um vírus que altera o seu DNA, o Distrito 9 passa a ser o único lugar em que ele pode se esconder.