X-Men ’97 revisita a era icônica dos anos 1990, quando os X-Men, um grupo de mutantes que usam seus dons extraordinários para proteger um mundo que os odeia e teme, são desafiados como nunca antes, forçados a enfrentar um novo futuro perigoso e inesperado.

O pequeno Damian Wayne enfrenta inimigos em sua cidade depois de se encontrar sozinho na Mansão Wayne.

Em San Francisco, Jill Valentine está lidando com um surto de zumbis e um novo T-Virus, Leon Kennedy está no encalço de um cientista DARPA sequestrado e Claire Redfield está investigando um peixe monstruoso que está matando baleias na baía. Acompanhados por Chris Redfield e Rebecca Chambers, eles descobrem que as pistas de seus casos separados convergem para o mesmo local, a Ilha de Alcatraz, onde um novo mal se estabeleceu e aguarda sua chegada.

Apresenta a dupla no Oeste Selvagem onde ajudam a salvar um rancho das mãos de um vilão. Os rivais juntam-se para ajudar uma vaqueira e o seu irmão a salvar a sua casa de um ganancioso agarrador de terras.