Em um mundo assolado por criaturas ameaçadoras conhecidas como "Kaiju", Kafka Hibino sempre sonhou em se alistar na Força de Defesa do Japão para derrotá-los. Kafka prometeu à sua amiga de infância, Mina Ashiro, que eles derrotariam esses monstros juntos. Com o tempo, circunstâncias da vida os forçaram a seguir caminhos diferentes, fazendo com que Kafka abandonasse sua ambição. Ele conseguiu um emprego na Monster Sweeper, Inc., uma empresa de limpeza profissional especializada em lidar com as consequências das batalhas contra Kaiju. Por outro lado, Mina Ashiro agora é a capitã da 3ª Divisão da Força de Defesa. No momento, ele não é considerado digno de lutar contra os Kaiju ao lado dela. No trabalho, Kafka acaba conhecendo o altamente motivado Reno Ichikawa. A determinação incansável de Reno de se juntar à Força de Defesa não deixa espaço para o fracasso. Sua perseverança reacende a ambição de Kafka de estar ao lado de Mina enquanto protegem a humanidade dos Kaiju juntos!

Há décadas, as nações de Ostania e Westalis promovem uma guerra fria sem fim. Para investigar os movimentos do presidente de um importante partido político, Westalis mobiliza Twilight, seu melhor agente, a montar uma família falsa e se infiltrar nos eventos sociais promovidos pela escola do filho do político. Mas por um acaso do destino, Twilight acaba adotando Anya, uma jovem com poderes telepáticos, e se "casando" com Yor, uma assassina profissional! Sem saberem das identidades uns dos outros, este trio incomum vai embarcar em aventuras cheias de surpresas para garantir a paz mundial.