Will Shaw é um executivo de Wall Street que vai passar as férias com a família no litoral da Espanha. Porém, aquele momento de lazer se transforma num verdadeiro inferno quando as pessoas que ele mais ama são sequestradas. Correndo contra o tempo, ele acaba descobrindo que o crime faz parte de uma conspiração do governo americano.

Após derrotar as máquinas em seu combate inicial, Neo ainda vive na Nabucodonosor ao lado de Morpheus, Trinity e Link, o novo tripulante da nave. As máquinas estão realizando uma grande ofensiva contra Zion, onde 250 mil delas escavam rumo à cidade e podem alcançá-la em poucos dias. A Nabucodonosor é convocada para retornar a Zion e participar da reunião que definirá o contra-ataque para salvar a humanidade da extinção. Entretanto, um recado enviado pelo Oráculo faz com que Neo retorne à Matrix.