Apesar da forte concorrência, a equipe de vôlei da Karasuno High passa da fase preliminar do torneio Harutaka, na província de Miyagi, e chega à terceira fase.

Entre os cinco grandes países de shinobi, os países da Água, Terra, Trovão e Vento estão perdendo seus Kekkei Genkai, um atrás do outro. O único que não foi afetado foi o País de Fogo, os outros começam a suspeitar que isto não é nenhuma coincidência. Embora a tensão da situação pode levar a uma nova Guerra Shinobi, Kakashi desaparece da aldeia, qual será o motivo...!? Entretanto os 11 de konoha vão por vontade própria em busca de Kakashi acabando por enfrentar o bando de shinobis desconhecidos... como correrá?

Momentos antes do nascimento de Naruto Uzumaki, um enorme demônio conhecido como o Kyuubi, a Raposa de Nove Caudas, atacou o vilarejo da folha oculta Konoha, causando destruição. Para pôr fim à devastação de Kyuubi, o líder da aldeia, o quarto Hokage, sacrificou sua vida e selou o monstruoso animal dentro do recém-nascido Naruto. Agora, Naruto é um ninja hiperativo e cabeça dura que ainda vivem em Konoha. Evitado pelos demais habitantes por causa da Kyuubi dentro dele, Naruto se esforça para encontrar seu lugar na aldeia, enquanto o seu ardente desejo de se tornar o Hokage de Konoha o leva a conhecer alguns grandes novos amigos, e também alguns inimigos mortais.