Leon S. Kennedy, agente especial dos EUA, entra escondido em um pequeno país do leste da Europa para confirmar boatos de que Armas Bio Orgânicas (B.O.W) estão sendo usadas em guerras. Logo após sua infiltração, o governo norte-americano pede que ele se retire imediatamente. Mas Leon, determinado a descobrir a verdade, ignora a ordem e entra no campo de batalha para acabar com a série de tragédias causadas por essas armas.

John Hammond chama o teórico do caos Ian Malcolm à sua casa para dar algumas notícias aterradoras: Enquanto quase tudo em Jurassic Park foi destruído, seus engenheiros parecem ter um segundo local, onde outros dinossauros estão escondidos. Aparentemente, os dinossauros na segunda ilha estão vivos e bem e até se acasalando. Hammond quer que Malcolm observe e documente as criaturas antes que mercenários cheguem até eles.