Em um mundo assolado por criaturas ameaçadoras conhecidas como "Kaiju", Kafka Hibino sempre sonhou em se alistar na Força de Defesa do Japão para derrotá-los. Kafka prometeu à sua amiga de infância, Mina Ashiro, que eles derrotariam esses monstros juntos. Com o tempo, circunstâncias da vida os forçaram a seguir caminhos diferentes, fazendo com que Kafka abandonasse sua ambição. Ele conseguiu um emprego na Monster Sweeper, Inc., uma empresa de limpeza profissional especializada em lidar com as consequências das batalhas contra Kaiju. Por outro lado, Mina Ashiro agora é a capitã da 3ª Divisão da Força de Defesa. No momento, ele não é considerado digno de lutar contra os Kaiju ao lado dela. No trabalho, Kafka acaba conhecendo o altamente motivado Reno Ichikawa. A determinação incansável de Reno de se juntar à Força de Defesa não deixa espaço para o fracasso. Sua perseverança reacende a ambição de Kafka de estar ao lado de Mina enquanto protegem a humanidade dos Kaiju juntos!

Há mais de uma década, surgiu uma misteriosa passagem chamada "portal", que conecta este mundo a uma dimensão diferente, o que fez com que pessoas despertassem poderes únicos… e essas pessoas são chamadas de "caçadores". Os caçadores usam seus poderes sobre-humanos para conquistar masmorras dentro dos portais e assim ganhar a vida. Sung Jinwoo, um caçador de nível baixo, é considerado o caçador mais fraco de toda a humanidade. Certo dia, ele se depara com uma "masmorra dupla", que tem uma masmorra de nível alto escondida dentro de uma masmorra de nível baixo. Diante de um Jinwoo gravemente ferido, surge uma misteriosa missão! À beira da morte, Jinwoo decide aceitar essa missão, tornando-se assim a única pessoa capaz de subir de nível!