Boruto é o filho do sétimo Hokage e o rejeita completamente como pai. Além disso, ele espera superar Naruto, que é respeitado como um herói. Ele acaba por encontrar o amigo do seu pai, Sasuke, e pede para se tornar seu… aprendiz?!?

Recém-mortos são ressuscitados e munidos de armas altamente tecnológicas. Juntos, eles devem derrotar um exército de monstros que ameaçam Tóquio e Osaka.

Entre os cinco grandes países de shinobi, os países da Água, Terra, Trovão e Vento estão perdendo seus Kekkei Genkai, um atrás do outro. O único que não foi afetado foi o País de Fogo, os outros começam a suspeitar que isto não é nenhuma coincidência. Embora a tensão da situação pode levar a uma nova Guerra Shinobi, Kakashi desaparece da aldeia, qual será o motivo...!? Entretanto os 11 de konoha vão por vontade própria em busca de Kakashi acabando por enfrentar o bando de shinobis desconhecidos... como correrá?

O filme conta a história através do ponto de vista de Menma, além de incluir cenas de um ano após os acontecimentos da série.