Uma guerreira de um futuro apocalíptico volta a 1997 para proteger um cientista perseguido por um ciborgue implacável.

As crianças astutas de um orfanato descobrem a verdade sombria sobre sua casa e planejam fugir e salvar todos os seus companheiros.

O cenário é um mundo paralelo ao Fate / stay night onde o Grande Graal desapareceu misteriosamente de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal. Depois de muitos anos de silêncio, ao mesmo tempo que a Guerra do Santo Graal teria acontecido, a Yggdmillennia, uma família de magos, declara abertamente a sua separação da Associação Mage e que estão em posse do Graal. A Associação envia cinquenta magos para recuperá-lo, e todos menos um são instantaneamente abatidos por um misterioso Servo. O restante consegue ativar o sistema de reserva do Grande Graal, permitindo a convocação de quatorze Servos no total.